室町 · 寺院 · 國寶
園城寺（三井寺）
滋賀縣 大津市
在三井寺可以看到桃山時代宏大的金堂，以及檜皮屋頂優美的新羅善神堂。書院造的勸學院客殿和光淨院客殿可提前申請特別參觀。
桃山 · 神社 · 國寶
日吉大社
滋賀縣 大津市
在日吉大社可以看到以本社獨有的日吉造樣式建造的西本宮和東本宮本殿。比叡山麓分布著約40座神社的境內，秋季是賞楓勝地。
江戶 · 寺院 · 國寶
延曆寺
滋賀縣 大津市
由最澄開創的比叡山延曆寺被稱為「日本佛教之母山」，是世界遺產寺院。國寶根本中堂是位於東塔的總本堂，本尊前供奉著據說已燃燒1200年的「不滅法燈」。
平安 · 寺院 · 國寶
石山寺
滋賀縣 大津市
在石山寺，可以看到兩座國寶：禮堂伸出在矽灰石岩盤上的平安時代本堂，以及建於1194年、在年代明確的多寶塔中最古老的多寶塔。寺內還有相傳紫式部開始寫作《源氏物語》的「源氏之間」。
桃山 · 城郭 · 國寶
彦根城
滋賀縣 彦根市
彥根城曾是井伊家的居城，其三重三層的國寶天守相傳由大津城天守遷建而來。看點不在規模，而在於錯落搭配唐破風與千鳥破風的屋頂層次。
桃山 · 神社 · 國寶
都久夫須麻神社
滋賀縣 長濱市
在都久夫須麻神社，可以看到由不同年代的兩座建築合為一體的國寶本殿，還可以在伸向琵琶湖的龍神拜所體驗投擲土器。本殿透過帶屋頂的舟廊下與寶嚴寺觀音堂相連。
桃山 · 寺院 · 國寶
寶嚴寺
滋賀縣 長濱市
在寶嚴寺，可以看到被認為可能是秀吉大坂城唯一現存建築而備受關注的國寶唐門、懸造式的觀音堂，以及通往都久夫須麻神社的舟廊下。供奉本尊大弁才天的本堂需沿石階登上。
桃山 · 神社 · 國寶
北野天滿宮
京都府 京都市
這裡是供奉菅原道真公的全國天滿宮、天神社的總本社。豐臣秀賴於慶長十二年（1607年）營建的國寶本殿，是以石之間連接本殿與拜殿的桃山建築，境內還可欣賞季節性開放的梅苑和紅葉苑。
桃山 · 寺院 · 國寶
西本願寺
京都府 京都市
這裡是由親鸞聖人的廟堂發展而來的淨土真宗本願寺派本山。巨大的御影堂和阿彌陀堂、布滿雕刻的唐門、飾有金碧障壁畫的書院、現存最古老的北能舞台、三層的飛雲閣等8棟國寶建築匯集於此。
桃山 · 城郭 · 國寶
二條城
京都府 京都市
二條城由德川家康興建，國寶二之丸御殿由6棟建築相連而成，是日本國內唯一留存的城郭御殿。可以欣賞狩野派的障壁畫、踩上去會發出鳥鳴聲的鶯張走廊，以及「大政奉還」的舞台大廣間。
桃山 · 寺院 · 國寶
三寶院
京都府 京都市
在三寶院，可以看到吸收了寢殿造樣式的國寶表書院，以及黑漆襯托金色紋章的國寶唐門。表書院前是豐臣秀吉為「醍醐賞花」親自進行基本設計的特別名勝庭園。
平安 · 寺院 · 國寶
醍醐寺
京都府 京都市
在醍醐寺，可以在下醍醐看到被視為京都府最古老木造建築的五重塔和金堂，在山上的上醍醐看到藥師堂和懸造式的清瀧宮拜殿。寺方稱國寶建築共有6棟，其中三寶院的2棟在三寶院頁面介紹。
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賀茂別雷神社（上賀茂神社）
京都府 京都市
在上賀茂神社，參加特別參拜可以近距離參拜1863年重建的本殿和權殿2棟國寶建築。仿神山而作的立砂，以及分布在兩條河流交匯處斜坡上的社殿群也值得一看。
桃山 · 寺院 · 國寶
大德寺
京都府 京都市
在大德寺，可以漫步於伽藍南北排列的禪宗寺院境內，以及眾多塔頭之間。擁有國寶方丈、玄關和桃山時代唐門的本坊通常不對外開放，只能從外面觀看伽藍的布局。
鎌倉 · 寺院 · 國寶
東寺（教王護國寺）
京都府 京都市
東寺是嵯峨天皇託付給空海的真言密教根本道場，高約55公尺、號稱日本最高木塔的五重塔聳立在京都車站南側。寺內有桃山時代的金堂、室町時代的大師堂等多座國寶建築。
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仁和寺
京都府 京都市
真言宗御室派總本山，由宇多天皇於888年建成，歷代住持多由皇室出身者擔任。國寶金堂是從御所遷來的紫宸殿，可與二王門、五重塔以及晚開的御室櫻一同觀賞。
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賀茂御祖神社（下鴨神社）
京都府 京都市
在下鴨神社，可以看到建於1863年、東西並立的東本殿和西本殿2棟國寶建築，以及境內南側的糺之森和與葵祭有關的御手洗池。特別參觀還可以進入相當於神明廚房的大炊殿。
桃山 · 寺院 · 國寶
南禪寺
京都府 京都市
臨濟宗大本山，起源於龜山法皇將離宮改為禪寺。在國寶方丈中，可以看到從御所遷來的大方丈與小方丈的障壁畫，以及被稱為「虎子渡」的枯山水庭園。
室町 · 寺院 · 國寶
慈照寺（銀閣寺）
京都府 京都市
室町幕府第8代將軍足利義政在東山山莊興建的觀音殿（銀閣）和持佛堂東求堂皆為國寶。銀閣以金閣為範本卻不事雕飾，與義政親自參與營造的庭園一起，保留著東山文化的韻味。
江戶 · 寺院 · 國寶
知恩院
京都府 京都市
知恩院是淨土宗的總本山，坐落在與開山祖師法然上人淵源深厚之地。這裡可以看到兩棟江戶時代前期的國寶大型建築：日本規模最大級的木造山門三門，以及供奉法然上人御影的御影堂。
室町 · 寺院 · 國寶
東福寺
京都府 京都市
在東福寺，可以看到被視為現存最古老、最大的禪宗三門的國寶三門，以及樓上的佛像和天花板畫。還可以一併參觀中世的禪堂和東司、重森三玲設計的方丈庭園，以及楓紅名勝通天橋。
鎌倉 · 寺院 · 國寶
妙法院與三十三間堂
京都府 京都市
三十三間堂的本堂南北長約120公尺，堂內階梯式排列著1001尊千手觀音立像，建築於1266年重建，是鎌倉時代的國寶。擁有本堂的妙法院，其桃山時代的庫裡也被指定為國寶。
江戶 · 寺院 · 國寶
清水寺
京都府 京都市
清水寺本堂於1633年重建，以18根櫸木柱在音羽山坡上撐起舞台，是採用「懸造」工法的國寶。可以在舞台上俯瞰京都街景，也可以從下方仰望不用一根釘子的木構架。清水寺是世界遺產「古都京都的文化財」之一。
江戶 · 神社 · 國寶
八坂神社
京都府 京都市
位於四條通東端、以祇園祭聞名的神社。國寶本殿於1654年由江戶幕府重建，其特色是以一個大屋頂覆蓋本殿與拜殿的獨特結構。